دعاء الاستخارة هو كما يلي:
اللهم إني أستخيرك بعلمك، وأستقدرك بقدرتك، وأسألك من فضلك العظيم، فإنك تقدر ولا أقدر، وتعلم ولا أعلم، وأنت علام الغيوب، اللهم إن كنت تعلم أن هذا الأمر (هنا تذكر الأمر الذي تريد استشارة الله فيه) خير لي في ديني ومعاشي وعاقبة أمري عاجله وآجله، فاقدره لي ويسره لي، ثم بارك لي فيه، وإن كنت تعلم أن هذا الأمر شر لي في ديني ومعاشي وعاقبة أمري، فاصرفه عني واصرفني عنه، واقدر لي الخير حيث كان ثم رضني به.
ثم الدعاء بالصلاة على النبي محمد صلى الله عليه وسلم، وذلك بقول "اللهم صلِّ على محمد وعلى آل محمد كما صليت على إبراهيم وعلى آل إبراهيم، إنك حميد مجيد، اللهم بارك على محمد وعلى آل محمد كما باركت على إبراهيم وعلى آل إبراهيم، إنك حميد مجيد".
ويمكن للمستخير أيضًا أن يدعو الله تعالى بأي دعاء آخر يشعر به في قلبه.
ويلزم مع الاستخارة اليقين والثقة في الله سبحانه و تعالى والاعتماد على الله عز وجل في اتخاذ القرار